Le radici della Congrega risalgono ai “consorzi caritativi” fondati in ciascuna delle nove parrocchie della città nel 1230 dal vescovo Bartolomeo Guala ed in seguito unificati tra il 1535 e il 1538 assumendo la denominazione di Congrega del Dom oppure di Congrega delle Quarantore.

L’appellativo “Apostolica” derivò sia dal fine primario della Confraternita, cioè promuovere il bene spirituale, religioso e materiale del prossimo, sia dalla modalità di radunarsi dei Confratelli, ispirata all’esperienza delle primitive comunità cristiane.

La “Regola” (Statuto) originale risale al 1578.  Da questo momento l’Istituzione viene orientata verso azioni di assistenza e beneficenza alle persone, vocazione sviluppatasi sempre più nel corso del tempo.

Ammontano ad oltre seicento i benefattori che lungo il corso della vita della Congrega hanno destinato beni, anche rilevanti, all'istituzione, da esponenti di primo piano della Chiesa bresciana (tra questi ricordiamo la figura del Cardinale Angelo Maria Querini) a rappresentanti dei più diversi ambiti e ceti sociali. 

Significativo è il fatto che circa un terzo dei benefattori sia costituito da confratelli o famigliari di confratelli, che hanno inteso così evidenziare il profondo vincolo caritativo che li ha legati in vita alla Congrega stessa.

Tra i Confratelli si annoverano illustri personalità della storia del cattolicesimo bresciano, tra cui il Beato Giuseppe Tovini, il sen. Giorgio Montini padre di papa Paolo VI e il card. Giulio Bevilacqua.